En 1942 se constituye un nuevo equipo, el «Club Atlético Foghetecaz»; este equipo años después recoge el testigo del inactivo CD Villarreal en la Federación y empieza a competir en categorías regionales con el nombre de Club Atlético Foghetecaz en 1947. Su primer presidente será Lorenzo Carda Corbató. El Villarreal C. F. debutó en Segunda División en la temporada 1970-71, salvando la categoría al clasificarse en el puesto 16.º, pero descendiendo en la campaña siguiente al acabar 17.º. Durante los 25 años posteriores el equipo se mantiene siempre en categoría nacional (excepto la campaña 1976-77), consiguiendo ascender a 2ªB en la temporada 1986-87. Tras un breve paso por Tercera en 1990-91, el equipo cosecha dos ascensos consecutivos que le permiten -20 años después- retornar a la Segunda División del fútbol español.